台灣製藥產業結構,上游為製備藥物的原材料。西藥的原材料包括天然物及一般化學品,主要由化學法合成或由半合成法製備。其他尚有植物、動物器官、礦物、及微生物 菌種與相關的組織細胞中獲得。中藥的上游主要以植物及少部分動物、礦物作為原料。然而近年來由於生物技術的進展,利用基因轉殖方式,以組織培養技術或直接培養植物或 飼養動物來生產藥物,可說是上游藥物生產技術之一大突破。
中游主要為原料藥工業及中藥加工業。主要是將原料藥加上製劑輔料,使其成為方便使用的劑型。原料工業絕大多數為有機化學工業,依來源不同而有不同的生產方式。由 天然物取得者,除了原料製備如發酵培養外,主要製程技術在萃取、分離及純化。由遺傳工程製備者,主要製程技術為複雜的有機合成及分離純化。中藥材的加工則以藥物植物 加工、炮製為主。
下游主要為藥品經銷之通路。藥廠生產之處方藥、指示藥及成藥,透過醫院、診所及藥局供給消費者,並由健保局支付部分藥品費用給經銷通路。